Embora a lei seja federal e, portanto, com vigência igual em todo o território nacional, há Estados da Federação em que o órgão ambiental que representa o Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (Ibama) tem autonomia para administrar a aplicação da lei de acordo com as peculiaridades regionais e locais. É o caso do cacau, na Bahia, da pupunha, no Pará, da erva-mate, em Santa Catarina, e da seringueira, em vários Estados.

Acordo - No entanto, nos Estados em que não existe nenhuma dessas possibilidades de ocorrência e também não existam mais as áreas de reserva da mata nativa, criou-se a possibilidade de substituir a área da reserva legal em outro imóvel não contíguo ao da propriedade. É o chamado condomínio externo. Neste caso, a área é formada por um condomínio de vários proprietários. Mas ela pode também ser instituída por um único proprietário, desde que ele cumpra os requisitos da lei.
Essa iniciativa nasceu em Minas Gerais com o chamado Protocolo de Araguari, no Triângulo Mineiro. Ela foi criada mediante um acordo feito e protocolado entre os cafeicultores da região e a Curadoria do Meio Ambiente daquela região, com a homologação do Instituto Estadual de Florestas (IEF), que é o órgão ambiental representante do Ibama em Minas Gerais.

Esse mesmo procedimento já está sendo introduzido em alguns Estados das Regiões Sudeste e Centro-Oeste. No entanto, é necessário que o proprietário apresente um projeto da nova área a ser preservada, juntando toda a documentação da propriedade original e da outra na qual será instituída a reserva. Esse projeto é desenvolvido por um agrônomo e assinado por um advogado. Com isso em mãos, o proprietário apresenta o pedido ao órgão competente, assina um termo de responsabilidade, comprometendo-se a cumprir todas as fases do projeto. Essa é a melhor alternativa para quem não tem a área de reserva de mata nativa disponível em sua propriedade.